Le médecin traitant ou le médecin du travail donne un avis. Sur cette base, c’est le comité médical départemental qui statue sur la reconnaissance d’inaptitude si celle-ci fait suite à un congé maladie. La commission de réforme, qui siège aussi au niveau départemental, intervient si le problème de santé pouvant occasionner une inaptitude suit un accident de service ou une maladie professionnelle. La commission de réforme est également saisie par la collectivité employeur lorsque celle-ci refuse de reconnaître que le problème de santé est imputable au service. Le traitement des demandes peut être long : il n’existe pas de délai maximal.

Lorsqu’une restriction d’aptitude au travail est prononcée, un temps partiel thérapeutique peut être autorisé, soit pour favoriser l’amélioration de l’état de santé de l’agent, soit pour lui permettre de mener à bien une rééducation ou une réadaptation professionnelle. Des aménagements de poste peuvent aussi être demandés par le médecin du travail, par le comité médical ou par la commission de réforme. Il peut s’agir d’un allègement des tâches, de l’octroi de temps de repos ou d’aménagements matériels.
 Le reclassement est la solution de dernier recours, soit à un autre grade mais dans le même cadre d’emploi, soit avec un changement de cadre d’emploi – par exemple via le détachement dans une autre collectivité, voire même une autre administration. Il revient à l’employeur de trouver un autre emploi à l’agent. Le salaire de ce dernier est garanti même s’il est « rétrogradé ».